Nájera ocupa el punto central en el tramo riojano del Camino de Santiago, a 26 kilómetros de Logroño, 16 de Santo Domingo de la Calzada y 25 de Haro.

Situada a 489 metros sobre el nivel del mar, está atravesada por el río y resguardada por el pico de Nájera y los cerros Malpica, Cerro de la Horca, Mal vecino, la Atalaya y Castillo, con alturas que no superan los 666 metros y que se proyectan sobre una rica vega que sirve de entrada a uno de los parajes más agrestes y mejor conservados, medioambientalmente, de La Rioja: la cuenca del Najerilla.

Nájera cuenta con buenas comunicaciones por carretera: la N-120 y la A-12 enlazan con Burgos y Logroño; la LR-113, siguiendo el valle del Najerilla, con Salas de los Infantes; y en Cenicero, a 10 kilómetros, se accede a la AP-68, que une Zaragoza y Bilbao.

Dispone de Estación de Autobuses y el apeadero de ferrocarril más próximo es el de Cenicero. El aeropuerto de Logroño-Agoncillo se encuentra apenas a 40 kilómetros.

Por su situación tiene un clima muy agradable, con inviernos suaves y veranos frescos.