Los estudios arqueológicos señalan una densa ocupación prehistórica de los cerros que bordean la ciudad actual y de los situados en su término municipal, al menos desde la Edad del Bronce. Durante la Edad del Hierro se aprecia un continuado proceso de concentración de la población que desembocará en la aparición de poblados más complejos compuestos por viviendas rectangulares parcialmente excavadas en la roca, construidas con entramados de madera y adobes (Cerro Molino). Estos poblados celtibéricos que encuentran, y a veces destruyen, los conquistadores romanos se corresponden a los pobladores berones que citan las fuentes clásicas.

Durante el periodo romano, la Nájera actual forma parte de Tritium (Tricio), localidad situada a dos kilómetros. Tritium fue desde mediados del s.I y hasta el s. VI el principal centro alfarero peninsular. Sus cerámicas se distribuyeron profusamente por toda Hispania y las provincias del Mediterráneo occidental. Los alfares y las villas romanas se extendían por todo su entrono y se encuentran, incluso, dentro del actual casco urbano najerino.

Bajo dominio musulmán se levanta un castillo refugio en la cumbre del cerro que domina Nájera, plaza que será fundamental en el control de La Rioja Alta y de la frontera cristiana.